针对长江口栖息地破坏、渔业资源衰退等问题，对资源衰退机制、关键生态功能修复、重要资源养护等方面进行了系统研究，构建了“高精度、高密度、全覆盖”的长江口资源环境监测评估体系，阐明了渔业资源衰退成因及机制，奠定了生态修复和资源养护理论基础；创新了生态修复方法，重建了长江口关键栖息地生境，恢复了水域生态功能，重要渔业资源增殖成效显著；攻克了长江口珍稀鱼类繁育技术，奠定了增殖放流物质基础，支撑了特色养殖业，实现了保护和利用双赢；成功修复了长江口中华绒螯蟹繁育场，恢复了天然资源，成为国际上恢复渔业资源的成功范例。成果在沿江沿海广泛应用，保护增殖了长江口渔业资源，促进了生态平衡和渔民增收，生态、社会和经济效益重大。
