我所实验基地管理中心负责管理江苏赣榆、浙江宁海、福建福鼎、海南琼海等试验基地以及依托基地共建的4个新型研发机构。近年来，实验基地管理中心根据我所学科发展方向、科研任务规划和各基地定位，坚持我所建设一流科研基地的目标，立足江浙沪闽，作为中试孵化平台与产业对接窗口，以“基地+学科+团队”模式，主持或协助创新团队实践、学科发展交流、科研成果中试、科研创新试验、成果转化、服务地方渔业、区域人才培养与学术交流、产学研示范等任务，致力于打造高标准综合性试验平台、设施渔业应用示范平台、“数智兴渔”工程展示平台、陆海繁育推一体化平台、种质南繁保育创新平台等不同功能定位的特色平台，并加强规范化管理、信息化展示、智能化装备、设施化应用等方面示范作用，深入产学研合作，为产业发展持续输送科技动力，推进渔业现代化进程。
