东海所档案室成立于2006年，隶属于综合办公室，前身为东海所资料室。档案室将本所各项工作中形成的各门类各种载体的档案，集中统一管理，形成齐全、完整、便于利用的档案系统，通过一系列管理措施和硬件设备，确保档案存放保管的安全性及档案使用的有效性。
档案室采用办公、阅览、库房三分开的布局，在库房安装移动密集柜，采用耐用，防虫，防霉的无酸档案盒，排放整齐有序。配备有空调机、温湿度计、抽湿机、计算机、高速扫描、碎纸机档案保管设备，并在库房设置消防设备及防火、防光、防虫、防潮、防尘设施。目前，档案室正在逐步建立电子化的档案利用管理系统，以期为全所的公共管理和科学研究工作提供更加优质有效的档案查询利用服务。
